予選を２勝０敗で通過した参加者は、３回戦開始前に一斉にくじ引きを行う。
２勝１敗で通過した参加者は、昼休憩後に一斉にくじ引きを行う。
終わった順でくじ引きさせるのでなく一斉にくじ引きをさせることに注意。
自分が引いた番号の箇所に、フルネーム、大学名、学年を記載させる。
このトーナメント表はHPにも掲載するため、確実に判別できる字で記載させる。
前回大会上位3位までの者にシード権を付与する。各シード権者は本戦トーナメントにおいて準決勝まで試合を行わないよう別ブロックに配置する。
２勝者と２敗者は予選３回戦を行わないため、３回戦を行う人数は半分となる（若葉・女流杯を除く）。そのため、会場のうち半分の机・椅子を大会前の状態に復帰させる。２勝通過者は本戦トーナメントのくじ引き後、主幹校の指示に従い机・椅子を戻す。また、復帰した側の会場に掲示していた内容を、利用中の会場に移す。
このエリアでは自由対局および検討機能の使用を許可する。
春季大会は西日本大会に12人ほど参加できるため、１～16位までをすべて確定させる。そのためベスト16以上の人は、全員が５局指すことになる。棋譜取りは学生名人戦にかかわる3位決定戦と５位決定戦、本戦準決勝以降を行う(計5局)
秋季大会はトーナメントと３位決定戦のみである。棋譜取りは3位決定戦と準決勝以降を行う(計4局)。
棋譜を記録する参加者には報酬として、500円分の図書カードを支給する。対局開始前にそれぞれの机に置いておく。